L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) a publié des rapports alarmants en 2017 puis en 2024 afin d’alerter les autorités sur la menace sanitaire et économique que représente la résistance des bactéries aux antibiotiques. Face à cette crise, le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques s'avère indispensable pour lutter contre ces pathogènes. Dans ce contexte, les modifications post-traductionnelles (PTM) sont une voie de recherche particulièrement innovante. Les PTM sont des ajouts de groupements chimiques sur les chaînes latérales des acides aminés. C’est un mécanisme important chez les bactéries dans des contextes de stress, notamment lors de l’exposition aux antibiotiques. L’analyse protéomique est l’approche de choix pour identifier les sites modifiés. La réussite de ces identifications dépend de la qualité de la préparation des échantillons ainsi que des paramètres nLC-MS/MS utilisés. Malgré les avancées technologiques, la caractérisation des PTM restent encore difficile du fait de leur faible stœchiométrie chez les bactéries.
Ce projet de stage s’inscrit dans la continuité directe des travaux de recherche menés au laboratoire PBS sur des bactéries classées "priorité critique" par l'OMS.
Il est en collaboration avec l’équipe « Analyse et Modélisation » (groupe Spectrométrie de Masse et Sciences Séparatives, Pr Carlos Afonso) de l’Institut CARMeN.
Objectifs Du Projet
Dans ce projet, il s’agira de préparer les échantillons bactériens puis de tester différents spectromètres de masse en couplage nLC (Orbitrap Eclipse Tribrid, Orbitrap Astral, FTICR 18 T timsMRMS et timsTOF fleX) pour déterminer leurs apports sur la caractérisation de PTMs. Une stratégie Bottom-Up sera privilégiée pour ces analyses. Les données obtenues seront traitées à l’aide de plusieurs outils bioinformatiques, notamment FragPipe et MaxQuant, afin d’identifier les peptides et les protéines ainsi que de caractériser les PTMs présentes dans les
échantillons.
P
📌 Offre de stage (México)
🏢 French Proteomics Society
📍 México
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